雖然廣東醫科大學是廣東省屬重點建設大學,而廣州醫科大學是廣州市屬重點大學，但綜合比較廣州醫科大學實力更強。

從歷史沿革看，兩所大學均創建于1958年，廣東醫科大學前身是湛江醫學院，1992年更名為廣東醫學院。廣州醫科大學原名廣州醫學院，2013年經教育部批準更名為廣州醫科大學。

從地理位置看，廣東醫科大學由湛江校區和東莞校區兩部分組成，湛江和東莞均為地級市。廣州醫科大學有番禺、越秀兩個校區，處于一線城市廣州核心區域。

從辦學規模、層次和水平看，廣東醫科大學開辦普通本科專業25個；有教職工近1900人，而廣州醫科大學除設22個學院外，還有7所直屬醫院和11所非直屬附屬醫院，有教職工7500人。雖然兩所大學均有博士、碩士學位授予權，但廣州醫科大學有5個學科進入ESI排名全球前1%；有2個一級學科博士點，8個一級學科碩士點。

作為醫科大學，臨床實習是非常重要的教學內容，需要一些高水平醫院的協作支撐，廣州醫科大學在這方面無疑具有得天獨厚的優勢。結合全國醫科類大學排名，廣州醫科大學為4星級中國高水平大學，排第16位，廣東醫科大學為2星級區域高水平大學，排第49位。

近年高考錄取分數也可說明：廣東醫科大學廣東、江西、安徽3省2019年、2020年一本最低錄取分數分別為472、500，572、587，565、596；而廣州醫科大學三個省2019年、2020年最低錄取分數分別為519、539，590、600，577、606。多數省份廣州醫科大學錄取分數高于廣東醫科大學。