根據(jù)2012年學(xué)科評估的結(jié)果，中國內(nèi)地高校生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)排名，第一名是東南大學(xué)，第二名是清華大學(xué)，第三名是上海交通大學(xué)、華中科技大學(xué)（并列），第五名是四川大學(xué)。后面的依次是：北京航空航天大學(xué)、浙江大學(xué)、重慶大學(xué)、西安交通大學(xué)、北京大學(xué)、電子科技大學(xué)、北京理工大學(xué)、天津大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)、華南理工大學(xué)、重慶醫(yī)科大學(xué)、首都醫(yī)科大學(xué)、東北大學(xué)、同濟大學(xué)、上海理工大學(xué)、中南大學(xué)、南方醫(yī)科大學(xué)、太原理工大學(xué)、哈爾濱醫(yī)科大學(xué)、西北工業(yè)大學(xué)、東華大學(xué)、溫州醫(yī)學(xué)院、湖南大學(xué)、上海大學(xué)、中南民族大學(xué)、解放軍總醫(yī)院（軍醫(yī)進修學(xué)院）、沈陽工業(yè)大學(xué)、大連海洋大學(xué)、長春理工大學(xué)、蘭州大學(xué)、重慶理工大學(xué)。
參評院校一共36所。有一些開設(shè)了這個專業(yè)但是沒有參加評估的。